Находился в Грязовецком у. Вологодской губ., у впадения р. Кохтыш в р. Лежу, основан прп. Арсением Комельским. Источником сведений о начальном периоде существования обители является «Сказание о житии и отчасти чюдес исповедание преподобнаго отца нашаго Арсения игумена, составшаго обитель Пресвятыя Богородицы на Комельском лесу, в Олонове концы» (РГБ. Ф. 354. № 65. Л. 22-56, 1-я пол. XVII в.).
Ок. 1529 г., ища уединения, прп. Арсений впервые пришел в Комельские леса. Возле слияния рек Лежи и Кохтыша с плеч путника упала тяжелая ноша, святой решил отдохнуть на этом месте и увидел «солнечный луч и свет велии», сиявший близ р. Кохтыш. Преподобный принял это за знамение Божие и основал здесь мон-рь. В февр. 1530 г. прп. Арсений получил от вел. кн. Василия III Иоанновича жалованную грамоту, передавшую во владение А. К. м. земли на 2 версты вокруг, окрестным крестьянам запрещалось на монастырской территории рубить лес, ставить починки, охотиться и ловить белок (ИРИ. Т. 3. С. 280-282). Однако местные жители, недовольные потерей угодий, разорили жилище преподобного и убили его келейника, тем самым принудив прп. Арсения удалиться примерно за 30 верст на р. Шингорь, протекавшую в Шилегорском лесу. Однако и там уединение подвижника оказалось нарушенным, и прп. Арсений вернулся в Комельский лес. Перед этим он, видимо, посетил Москву, т. к. 13 июля 1539 г. от вел. кн. Иоанна IV Васильевича Грозного святой получил жалованную грамоту, давшую А. К. м. права на надел земли уже на 5 верст вокруг (ИРИ. Т. 3. С. 283-285); в 1543 г. мон-рь получил еще одну грамоту, увеличившую его льготы. «Сказание» сообщает, что прп. Арсений сам осваивал новые земли - «лесы сечаше и нивы насеваше».
В 1539 г., испросив у еп. Вологодского и Великопермского Алексия благословение на возведение храма, прп. Арсений с братией начал строительство деревянной церкви, к-рую 2 июля 1541 г. освятил в честь Положения честной ризы Пресв. Богородицы во Влахерне. В мон-ре преподобный ввел общежительный устав. Незадолго до смерти основателя обители был заложен трапезный храм во имя прп. Сергия Радонежского, ряд др. монастырских построек. Прп. Арсений был похоронен близ алтаря с прав. стороны Ризоположенского храма. 1 июля 1654 г. игум. Иоасафом на месте прежнего был освящен новый каменный храм Положения Риз Пресв. Богородицы с 2 приделами: сев.- во имя прп. Сергия Радонежского, юж.- во имя прп. Арсения Комельского (в этом приделе под спудом покоились мощи святого). Впосл. в Арсениевском приделе над мощами преподобного была устроена медная чеканная, посеребренная и частично позолоченная рака.
К 1764 г. обитель владела 237 крестьянами. При учреждении штатов А. К. м. был причислен к 3-му классу с игуменским настоятельством. В 1807 г. мон-рь был обнесен каменной оградой с башнями, в 1856 г. построен двухэтажный настоятельский и братский корпус. У стен обители располагались деревянные хозяйственные постройки: амбар, каретник, конюшня, сарай. В 1869 г. в А. К. м. жили 20 насельников (включая настоятеля). Обитель имела подворье в Вологде.
В кон. 1904 г. мон-рь был обращен в женский, после 1918 г. закрыт. Ризоположенский храм разобран в нач. 60-х гг. XX в., на его фундаменте построено здание клуба. В настоятельском и братском корпусах к 2001 г. размещалась школа. Др. монастырские постройки не сохранились.